2018-19赛季对凯恩来说并不走运，他在该赛季伤病很多，虽然在欧冠决赛中带伤坚持首发，但因表现不佳受到批评，热刺也输掉了决赛和欧冠奖杯失之交臂。仅仅半年之后，热刺主帅波切蒂诺下课。

那时，热刺在英超取得三连胜开局，凯恩也打破了自己在8月份英超不进球的魔咒。尤其是第3轮英超热刺客场3-0战胜曼联，凯恩一传一射，一度让球迷们相信热刺本赛季有望争冠。但在2019年1月热刺对曼联的比赛中，凯恩的脚踝受伤缺席六周。2019年4月的欧冠四分之一决赛首回合，热刺对阵曼城，凯恩再次脚踝受伤，并且直接单脚跳着离场。

当时媒体预测凯恩将至少缺席三个月时间，这意味着他提前结束这个赛季。而热刺主帅波切蒂诺则称：“目前还无法确定具体缺席时间，需要等待专家的检查。”最终凯恩缺席了这个赛季剩余的全部英超联赛，他的英超进球数也停留在17球，而热刺只获得2018-19赛季的英超第四名。

不过在欧冠赛场上，缺少了凯恩的热刺却一路晋级杀进欧冠决赛。在6月2日热刺对利物浦的欧冠决赛时，凯恩出人意料地火线复出并且首发出场，取代了欧冠半决赛中上演帽子戏法的小卢卡斯。也许是凯恩太想赢得热刺队史上的首座欧冠奖杯，但带伤坚持参赛的他在决赛中表现不佳，热刺最终0-2负于利物浦无缘冠军。

赛后不少球迷认为，凯恩的复出并没有帮助热刺，反而影响了此前球队运转良好的攻击线。凯恩对此表示：“这就是足球。每个人都有自己的想法，而主帅做出了一个决定，他认为这是最好的阵容。不幸的是，这一次我们没能获得满意的结果。”而热刺主帅波切蒂诺则强调：“如果欧冠决赛重演，我肯定还会做出同样的决定。你不能质疑凯恩，他是我们的主力前锋，是热刺最出色的球员，也是欧洲最出色的球员。”

和欧冠奖杯失之交臂影响了热刺全队的心态，虽然凯恩强调：“这样的失利只会激励着我们变得更好，给我们带来更充足的动力。”但在2019-20赛季，热刺的成绩还是有了明显下滑。前12轮英超联赛过后，热刺在积分榜上只排名第14位，最终热刺决定换帅，功勋主帅波切蒂诺黯然下课，穆里尼奥成为了热刺新任主帅。

凯恩在2020年1月左腿肌腱撕裂，之后接受了手术。由于3月欧洲爆发新冠疫情导致各大足球联赛停摆，凯恩有了充足的康复时间。6月英超恢复后凯恩也伤愈复出，在6月23日热刺主场2-0战胜西汉姆时，凯恩打进一球，并且第200次代表热刺在英超出场。这个赛季凯恩最终在英超打进18球，热刺则排名第六没能获得欧冠参赛资格。