2021年10月17日，汤姆斯杯决赛印尼队3-0战胜中国队，时隔19年再次捧起汤杯。担任第二单打的乔纳坦2-1战胜李诗沣，为印尼队拿下锁定胜利的1分。赛后乔纳坦表示：汤杯是给大哥的，是他一直激励着我。哥哥去世后，我努力争取一枚奖牌。“我无时无刻不在想着他。”

在2021年苏迪曼杯，乔纳坦唯一出战的一场比赛上，他1-2（21-9 20-22 18-21）不敌加拿大选手杨灿。但乔纳坦对决胜局最后一分十分不满，他认为这个球出界了，但是主裁并未理会他，直接宣布比赛结束了，乔纳坦生气的把羽毛球扔在了场边，赛后乔纳坦也表达了对此事的不满。

在2021年10月11日，汤杯小组赛中，乔纳坦0-2（10-21 14-21）不敌泰国选手昆拉武特。但在印度尼西亚的最后一场小组赛中，对阵中国台北队的王子维，逆转发生了。以往乔纳坦遇上王子维都是输多赢少，这次乔纳坦2-0（21-17、21-13）战胜王子维，这极大的增强了他的信心。

过去几年对乔纳坦来说是很艰难的。他在2018年亚运会夺得金牌之后，基本打谁都输。当他参加2020东京奥运会时，他还处在哥哥伊万去世的悲痛时期。乔纳坦曾在个人社交平台上发文悼念唯一的亲哥哥伊万，感染新冠去世年仅29岁。

“奥运会结束后，我觉得自己很没有信心，”乔纳坦说。 “我和我的教练、家人讨论了如何提高我的表现。我们还与心理学家进行了沟通，他们给了我一些建议。我很高兴看到金廷获得奥运会铜牌，同时我也在激励自己。”

乔纳坦为提高身体素质所做的努力在丹麦奥胡斯举行的汤杯上得到了很好的回报。四分之一决赛对阵马来西亚，与黄智勇鏖战75 分钟；一天后他耗时100 分钟击败了安东森，为夺得汤杯扫除了一大敌手丹麦队。而在决赛中，对阵李诗沣的比赛已经超过了80分钟，但体能却没有下降很多，最终击败对手取胜。

“战胜安东森给了我很大的信心，因为当第三场比赛（对阵李诗沣）开始时，我说让我们再打100分钟，或者再打120分钟，我们拭目以待！这对我来说是最大的成就，比亚运会夺冠还大。

“在我们前往苏迪曼杯和汤姆斯杯之前，我们知道赛程安排，我们知道我们有背靠背的比赛。教练督促我和其他人更加努力地训练，尤其是提高我们的体能。

每次获胜后，乔纳坦都会仰望天空向他的哥哥表示敬意。他在想他的哥哥。

“这是给我大哥的，他激励着我……我知道有他和没有他的区别。我也想看到我的父亲和母亲感到骄傲。哥哥去世后，我努力争取一枚奖牌。

“我无时无刻不在想着他。”